แต่การใช้สารกำจัดวัชพืชต้องมีความรู้และใช้ให้ถูกต้อง สารกำจัดวัชพืชมีหลายชนิด แต่ละชนิดมีคุณสมบัติในการเข้าทำลายในพืชต่าง ๆ กัน การใช้สารกำจัดวัชพืชให้ถูกชนิดและใช้ให้ถูกวิธีตามคำแนะนำ ทำให้สารมีประสิทธิภาพในการกำจัดได้ดี และไม่เป็นอันตรายต่อพืชที่ปลูก พืชชนิดอื่นในพื้นที่ข้างเคียง สิ่งแวดล้อม หรือต่อผู้ใช้เอง
ปัญหาจากการใช้สารกำจัดวัชพืชที่เกิดขึ้นอยู่เสมอ คือ ละอองสารกำจัดวัชพืชที่เกษตรกรพ่นเพื่อควบคุมวัชพืชในแปลงของตนปลิวไปสู่พืชปลูกของเพื่อนบ้านในพื้นที่ข้างเคียงทำให้เกิดความเสียหายซึ่งพบได้ในหลายพื้นที่
การหลีกเลี่ยงไม่ให้เกิดปัญหาดังกล่าว ในเบื้องต้นเกษตรกรที่จะใช้สารกำจัดวัชพืช ควรศึกษาวิธีการใช้สารโดยอ่านจากฉลากอย่างละเอียด หากยังไม่เข้าใจสามารถขอคำแนะนำจากเจ้าหน้าที่ของหน่วยราชการที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ เกษตรกรที่มีพื้นที่ติดกันและปลูกพืชต่างชนิดกันควรพูดคุยทำความเข้าใจซึ่งกันและกันถึงผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นก่อนที่จะมีการปลูกพืชหรือก่อนที่จะมีการพ่นสารกำจัดวัชพืช เพื่อป้องกันความเสียหายที่จะเกิดขึ้น และลดปัญหาความขัดแย้งระหว่างเกษตรกรด้วยกัน
